Pour Richard Stallman, le problème avec cette application de prises de notes tient au fait qu'elle est écrite en C#, le langage de programmation orienté objet du chantre du logiciel propriétaire, Microsoft. L'intégration de Tomboy est prévue pour la prochaine version stable de la distribution GNU/Linux Debian, au nom de code Squeeze, via le recours à Mono, c'est-à-dire l'implémentation libre de la plateforme de développement Microsoft.Net conçue avec le soutien de Novell.
A priori, il n'existe pas de quelconque menace pesant sur Mono et d'éventuels problèmes de brevets. D'autant que dans ce registre, Novell et Microsoft ont signé des quasi pactes de non-agression. Mais cela n'est pas de nature à rassurer la FSF :
" Le problème n'est pas propre à Mono ; n'importe quelle implémentation libre de C# conduirait au même problème. Le danger est que Microsoft projette probablement de forcer toutes le implémentations libres de C# à utiliser des brevets logiciels. C'est un grave danger, et seuls les fous l'ignoreraient jusqu'à ce que ce jour arrive. Nous devons prendre dès aujourd'hui des précautions pour nous protéger de ce futur danger "
, écrit Richard Stallman.
Il ne jette pas la pierre aux implémentations libres de C#, mais explique que dans le cas de Tomboy et d'autres applications écrites en C# : " si nous perdons le droit d'utiliser C#, nous allons perdre ces applications ".
" Nous devrions systématiquement nous arranger pour dépendre le moins possible des implémentations libres de C#. Nous ne devrions donc pas inclure par défaut les implémentations de C# dans les distributions GNU/Linux, et nous devrions distribuer et recommander des applications non-C# plutôt que des applications C# comparables chaque fois que possible. "
Notons que pour Tomboy, il existe une implémentation en C++ dénommée Gnote. Par ailleurs, on peut penser que la récente affaire ayant opposé Microsoft à TomTom ait réveillé quelques alarmes dormantes chez Stallman.
